Bir Üniversite Hastanesinde İzole Edilen Çok İlaca Dirençli Acinetobacter baumannii İzolatlarının Antimikrobiyal Duyarlılığı ve Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Aerobik, hareketsiz, gram-negatif bir bakteri olan Acinetobacter baumannii, birçok antibiyotiğe direnç gösteren önemli bir nozokomiyal patojendir. Karbapenemler, bu patojenin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için en yaygın kullanılan antibiyotiklerdendir. Ancak son yıllarda A.baumannii'de karbapenem direncinin giderek artan oranlarda saptanması, tedavide ciddi problemlere yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı, klinik A.baumannii izolatlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin saptanması, blagenlerinin varlığının araştırılması ve izolatlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmaya, Mayıs 2012-Ocak 2013 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran hastaların çeOXA direnç şitli klinik örneklerinden (37 solunum yolu örneği, 11 yara, 10 kan, 8 kateter, 6 doku, 5 idrar, 2 apse) izole edilen 79 A.baumannii suşu dahil edilmiştir. İzolatlar konvansiyonel yöntemler ve Vitek®2 Compact otomatize sistemi ile tanımlanmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle araştırılmış ve CLSI kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Suşlarda blabla arasındaki klonal ilişki, ApaI restriksiyon enziminin kullanıldığı değişken alanlı (pulse-field) jel elektroforezi (PFGE) ile belirlenmiştir. Çalışmamızda, tüm izolatların kolistine duyarlı olduğu görülmüş; piperasilin/tazobaktam, siprofloksasin, imipenem, meropenem, sefaperazon/sülbaktam, trimetoprim/sülfametoksazol, seftazidim, levofloksasin, gentamisin, tetrasiklin, ampisilin/sülbaktam, amikasin, netilmisin ve tigesikline direnç oranları sırasıyla; %97.5, %96.2, %94.9, %94.9, %93.6, %91.1, %88.6, %86, %83.6, %77.2, %69.6, %55.7, %27.8 ve %3.8 olarak saptanmıştır. Tüm suşlar, OXA'ya özgül PCR ve OXA16S rDNA dizi analizi ile A.baumannii olarak tanımlanmıştır. İzolatların tümünde (%100) blabla PFGE sonuçlarına göre 10 pulsotip tanımlanmış; bunlardan sekizinde 3-30 arasında değişen, birbirinden ayırt edilemeyen benzer PFGE profilleri gösteren 77 (%97.5) izolatın [A (n= 30), B (n= 20), C (n= 9), D (n= 5), E (n= 4), F (n= 3), G (n= 3), H (n= 3)] bulunduğu belirlenmiştir. Klon A ve B'nin, diğer klonlarla karşılaştırıldığında hasta örneklerinde baskın olduğu ve antibiyotiklere direncin yüksek seviyelerde olduğu.

Acinetobacter baumannii, an aerobic, non-motile, gram-negative bacterium is an important nosocomial pathogen which shows resistance to the most antibiotics. Carbapenems are the most commonly used antibiotics for the treatment of infections caused by this pathogen. However the emergence of resistance against carbapenems in an increasing rate generates serious problems for antimicrobial therapy. The aims of this study were to detect the antibiotic susceptibility, and the presence of blaOXA resistance genes of clinical A.baumannii isolates and to determine the clonal relationship between these isolates. A total of 79 A.baumannii strains isolated from various clinical specimens (37 respiratory tract samples, 11 wound, 10 blood, 8 catheters, 6 tissue, 5 urine, 2 abscess) of the patients admitted to Mersin University Medical School Hospital between May 2012-January 2013, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and Vitek®2 Compact automated system. Antibiotic susceptibilities of the isolates were determined by Kirby-Bauer disk diffusion method and evaluated according to CLSI criteria. The presence of blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-48 and blaOXA-58 genes were detected by an in-house polymerase chain reaction (PCR), and the clonal relationship between the isolates were identified by pulsed-field gel electroforesis (PFGE) using the ApaI restriction enzyme. In our study, all of the isolates were susceptible to colistin, while the resistance rates against piperacillin-tazobactam, ciprofloxacin, imipenem, meropenem, cefoperazone/sulbactam, trimethoprim-sulfamethoxazole, ceftazidime, levofloxacin, gentamicin, tetracycline, ampicillin-sulbactam, amikacin, netilmicin and tigecycline were 97.5%, 96.2%, 94.9%, 94.9%, 93.6%, 91.1%, 88.6%, 86%, 83.6%, 77.2%, 69.6%, 55.7%, 27.8% and 3.8%, respectively. All the isolates were identified as A.baumannii with the OXA-specific PCR and OXA16S rDNA sequence analysis. All of the isolates (100%) harboured blaOXA-51 and 71 (89.9%) harboured blaOXA-23 gene, however they were all negative for blaOXA-24, blaOXA-48 and blaOXA-58 genes. According to PFGE results 10 pulsotypes were identified, of these eight pulsotypes formed 77 (97.5%) similar strains with indistinguishable PFGE profiles ranging between 3-30 [A (n= 30), B (n= 20), C (n= 9), D (n= 5), E (n= 4), F (n= 3), G (n= 3), H (n= 3)]. When compared with the other clones, clones A and B were dominant among the samples and they have exhibited high level of antibiotic resistance. The rest two pulsotypes [I (n= 1), J (n= 1)] were in close relation with the main cluster. No common outbreak isolate was detected, but the relationship between the majority of the strains pointed out that there was a cross contamination problem in our hospital. In conclusion blaOXA-51 and blaOXA-23 were detected as predominant genes responsible from carbapenem resistance in our clinical A.baumannii strains, and it was considered that the high prevalence of clones A and B may constitute a threat in terms of hospitalized patients.